明朝中葉。深秋的京城陰雨連綿,寒冷異常。紫禁城傳出消息,皇帝食用丹藥後,一病不起,不省人事,一連數日,上朝的大臣們都沒有面聖的機會,終於消息不脛而走,皇親國戚誠惶誠恐的要去看望,卻紛紛被拒絕。加上早年太子被廢,立儲之事,一拖再拖,皇帝突然一病不起,大明江山眼看著風雨飄搖,京城百姓議論紛紛,卻不想就在這時,京城連連出現莫名的殺人案件,殺人手法不但兇殘,而且死者面目全非,仿佛兇手在有意隱瞞被殺者的身份,更加可疑的是,殮房傳出消息,死去的人全是男性,而且下體全都遭到過閹割,看傷情大多是陳年舊傷。儘管司禮監傳出消息,宮內並沒有走失宦官,但依然謠言四起,都說有人要暗害皇帝,並且通過太監下藥,現在眼看事成又騙太監出宮殺人滅口,謠言越傳越凶,並且矛頭漸漸指向皇上的弟弟齊王。

人言可畏,齊王為了避嫌,向皇后上奏摺,要求皇后體恤自己,讓自己回到封地,卻不想皇后不但不允,反而斥責齊王不顧大局,齊王只得作罷。為了安撫齊王,皇后下懿旨限7日之內,六扇門必須破案還齊王清白!六扇門捕快接旨,紛紛摩拳擦掌要立功,卻不想統帶申梓木呵斥大家不要幼稚,案子未辦,其實已經定性,懿旨態度明確,七日之內必須破案,而且罪犯一定是想要誣陷齊王,眾人聽罷紛紛點頭稱是,於是,眾捕快心領神會的按照懿旨辦案,梳理京畿眾匪,終於抓住幾個誣陷的壞人,加上嚴刑拷打,將口供坐實,三天破案,很快人頭落地,六扇門昭告京城,百姓拍手稱快。齊王的不白之冤被洗淨,宴請賓客,皇親國戚紛紛道賀,卻不想席間齊王卻總是悶悶不樂,原來是掛念兄長的病,說道情深處潸然淚下,為了表達自己的心意,齊王決定暫離京城,去城外道觀為兄長祈福,也好避開城中的流言蜚語,卻不想這時,傭人來報,後院發現一個麻袋,裡面裝了具面目全非的屍體,聽到消息,在座賓客亂作一團……

後院,齊王看見放在地上的屍體,陰沉著臉看著對面六扇門的一群捕快,申梓木告訴齊王確實殺人的手法跟之前的一樣,看樣子是有漏網之魚自己一定儘快破案,卻不想齊王大怒,斥責申梓木怠忽職守,草菅人命,申梓木以及六扇門的捕快趕緊跪下磕頭認錯,卻不想這時一個年輕人從人群中走出來,幫助齊王分析案情,頭頭是道,齊王看著喜歡問來者何人,卻不想趴在地上的申梓木擠告訴齊王,年輕人是自己的兒子申力行,齊王告訴申梓木,自己家的案子交給申力行辦理,申梓木為難了,說申力行是自己的兒子卻不是六扇門內的捕快,申力行告訴齊王自己其實能力早就夠進六扇門只是,自己的爹甯死不同意。齊王告訴申力行如果他能破案,自己舉薦申力行進六扇門,申力行興奮異常,領命謝恩。

回到家中,申梓木斥責申力行逞能,告訴申力行,這種皇家的案子,就像太醫院的一聲看病,寧肯看不好也決不能看壞,因此最穩妥的辦法就是積極地消極怠工,太醫叫做平安方,申力行不以為然,激怒了申梓木,申梓木正要責罰,卻不想齊王身邊的總管黃旭帶著人來到六扇門,告訴申梓木,自己被派到了申力行身邊幫助申力行破案。在黃旭的幫助下,申力行不負眾望,很快破案,齊王對申力行大家讚賞,舉薦申力行進入六扇門 ,就在申力行進入六扇門的當夜,負責入殮的殮房師傅,李奇找到申力行,告訴他屍體不翼而飛,申力行趕到殮房卻發現自己調入圈套,申力行被人綁架,綁架者告訴申力行他辦錯了案子,眼看申力行命懸一線,卻被齊王貼身侍衛救下,雖然保住性命,申力行卻身負重傷,養病期間,申力行苦苦思索案件的來龍去脈,卻不想發現了驚人的秘密,原來,在齊王家死了的男人,是一個多年前在宮鬥中,已經死去多年的公公,死人為什麼復活,卻又為什麼突然死在了齊王的家中,帶著重重的疑慮,申力行打起精神重新調查,卻不想從此陷入了權力鬥爭的泥潭,無法自拔……